Behe sieht, dass evolutionäre Erklärungen auch komplexer Strukturen durchaus möglich sind. Aber in seinen Augen besteht ein prinzipieller Unterschied zwischen dem Auge und der Bakteriengeißel. Während bei der Entwicklung des Auges schon die Vorgängerstrukturen die Funktion des Sehens (mehr oder weniger gut) erfüllen, kann dies bei der Bakteriengeißel nicht der Fall sein. Augen sind eben nicht irreduzibel komplex; auch wenn das eine oder andere Teil fehlt, wird die Funktion, wenn auch etwas schlechter, erfüllt. Bei der Bakteriengeißel gilt dagegen: Wenn auch nur ein Teil fehlt – etwa Filament, Stab oder Haken – kann die Struktur die Funktion nicht mehr erfüllen. Genau darin besteht ja die irreduzible Komplexität der Bakteriengeißel.